個別のshapeファイルが大量にあるとき、とても便利なツールです。
無料でダウンロードでき、スタンドアローンで動作します。

GeoMerge（ジオマージ）
http://www.vdstech.com/geomerge.htm

ArcGISで処理が落ちたりするぐらいの数でも、あっさりshapeファイルを結合（マージ）してくれます。
そしてかなり高速です。とてもお得な気分です。